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Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget setup 🔧

Función para instalar/descargar dependencias de terceros para un módulo de gget.

Nota: Algunas dependencias (por ejemplo, cellxgene-census) pueden no ser compatibles con las versiones más recientes de Python. Si encuentras errores durante la instalación, intenta usar un entorno con una versión anterior de Python.

Parámetro posicional
module
Módulo gget para el que se deben instalar las dependencias.
Elige entre: "alphafold", "gpt", "cellxgene", "elm", o "cbio"

Parámetros optionales
-o --out
Solo aplica cuando module='elm'. Ruta a una carpeta donde se descargarán los archivos sin procesar de la base de datos ELM (elm_instances.fasta, elms_classes.tsv, elm_instances.tsv, elm_interaction_domains.tsv) — útil si deseas una copia local de los datos de ELM para tus propios scripts o inspección, de forma independiente a ejecutar gget elm.
NOTA: Para configurar los archivos de modo que gget elm pueda usarlos, omite este argumento — gget elm solo lee desde la ubicación predeterminada dentro de la carpeta de instalación del paquete gget. Los archivos descargados en una ruta --out personalizada no serán detectados por gget elm.
Por defecto: None (los archivos descargados se guardan dentro de la carpeta de instalación del paquete gget donde gget elm puede encontrarlos).

Banderas
-q --quiet
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False para impedir la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.

Por ejemplo

gget setup alphafold

# Python
gget.setup("alphafold")

→ Instala todas las dependencias de terceros (modificadas) y descarga los parámetros del algoritmo (~4 GB) necesarios para ejecutar gget alphafold.