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Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no es especificado de otra manera. Las banderas son designadas como cierto o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede obtener desde Terminal con la bandera -h --help.

gget g2p 🧬➜🧪

Consulta el portal Genomics 2 Proteins (G2P) para vincular genes/proteínas con anotaciones estructurales y funcionales a nivel de residuo (p. ej. pLDDT de AlphaFold, sitios de UniProt, bolsillos predichos, PTMs), el mapa gen–transcrito–proteína–isoforma–estructura, y alineamientos entre isoformas.

Produce: Un Dataframe con la información G2P solicitada.

Este módulo fue escrito por Elarwei.

Parámetro posicional
gene
Símbolo del gen, p. ej. BRCA1.

Otros parámetros requeridos
-u --uniprot_id
Identificador UniProt, p. ej. P38398. Para --resource alignment esta es la isoforma canónica (p. ej. P01130-1).
Consejo: encuentra el ID de UniProt de un gen con gget info.

Parámetros optionales
-r --resource
Define el tipo de información a producir (se usa por defecto: 'features'):
features: Tabla de características de la proteína por residuo (pLDDT de AlphaFold, sitios de UniProt, estructura secundaria, bolsillos predichos, PTMs, etc.).
map: Mapa de gen → transcrito → isoforma de proteína → estructura (identificadores UniProt/Ensembl/RefSeq/PDB).
alignment: Alineamiento de secuencia a nivel de residuo entre dos isoformas (requiere --isoform; --uniprot_id es la isoforma canónica).

-i --isoform
Identificador UniProt de una isoforma alternativa (p. ej. P01130-2). Requerido cuando --resource alignment. Por defecto: None.

-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.json. Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, use save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.

Banderas
-csv --csv
Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV en lugar de JSON.
Para Python, usa json=False (se usa por defecto) para producir un Dataframe.

-q --quiet
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False para impedir la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.

Ejemplo

# Características de la proteína por residuo para BRCA1 (pLDDT de AlphaFold, sitios de UniProt, ...)
gget g2p BRCA1 -u P38398

# Python
gget.g2p("BRCA1", uniprot_id="P38398", resource="features")

→ Produce un Dataframe con una fila por residuo de la proteína BRCA1 (UniProt P38398) y sus anotaciones estructurales/funcionales.



# Mapa gen -> transcrito -> isoforma -> estructura (CSV)
gget g2p BRCA1 -u P38398 -r map --csv

# Python
gget.g2p("BRCA1", uniprot_id="P38398", resource="map")

→ Produce el mapeo de BRCA1 a sus isoformas de UniProt, identificadores de Ensembl/RefSeq, y estructuras del PDB.



# Alineamiento a nivel de residuo entre dos isoformas de LDLR
gget g2p LDLR -u P01130-1 -r alignment -i P01130-2

# Python
gget.g2p("LDLR", uniprot_id="P01130-1", resource="alignment", isoform="P01130-2")

→ Produce el alineamiento a nivel de residuo entre las isoformas P01130-1 y P01130-2 de LDLR.

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